윈도우 설치 파티션의 파일시스템은 상관 없습니다.
윈도우가 설치된 하드의 파티션 타입이 GPT 여야 한다는 제약이 있습니다.

설치 이후가 아니라 설치 전 부팅의 이야기라면,
DVD 로 부팅하면 됩니다만 DVD 를 사용하지 않고 USB 메모리를 이용해서 설치하려고 한다면
UEFI 부팅을 위해서는 USB 메모리의 파티션 타입이 FAT32 여야 합니다.

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